蛋白的酵母雙雜交實驗是以酵母的遺傳分析為基礎，研究蛋白間相互作用的一種有效技術手段。轉錄活化蛋白可以和DNA上特異的序列結合而啟動相應基因的轉錄反應。這種DNA結合與轉錄激活的功能是由其上兩個相互獨立的結構域，即DNA結合結構域(Binding Domain, BD)和轉錄活化結構域(Activation Domain,AD)共同完成的。

　　以Gal4系統為例，BD和AD分別由Gal4蛋白上不同的兩個結構域(1-147aa與768-881aa)構成。在利用GAL4系統篩選cDNA文庫或研究蛋白間的相互作用時，DNA結合結構域與靶蛋白即"誘餌"相結合，轉錄活化結構域與文庫蛋白或要驗證的蛋白相結合。一般情況下，單獨的BD可以與GAL4上游活化序列（GALUAS）結合但不能引起轉錄，單獨的AD則不能與GAL UAS結合；只有當BD與AD分別表達的融合蛋白由于相互作用而導致兩者在空間上相互靠近時，BD與AD才能與GAL UAS結合并且引起報道基因的轉錄，從而激活下游報告基因，通過這一系列實驗來驗證兩個蛋白之間的相互作用。